Para inscribir o dar de baja a un usuario de un curso de LearnDash de forma programática (usando código), se utiliza la función ld_update_course_access(). Esta función toma 3 argumentos: el ID del usuario, el ID del curso y si se desea eliminar al usuario del curso.

Para obtener el ID del curso, es útil utilizar la función learndash_get_course_id(). Esto permite pasar el ID de una lección, tema o cuestionario que pertenece al curso y luego obtener el ID del curso.

Aquí hay un ejemplo:

$user_id = 12;
$lesson_id = 321;

$course_id = learndash_get_course_id( $lesson_id );

// agregar usuario al curso
ld_update_course_access( $user_id, $course_id, false );

Para dar de baja, solo se debe agregar true como último argumento:

ld_update_course_access( $user_id, $course_id, true );

Fuente: AppPresser.